No que diz respeito ao papel do Gestor Estadual de Saúde são identificados quatro papéis básicos para o estado, os quais não são, necessariamente, exclusivos e sequenciais, porém, dentre eles há o considerado mais importante e permanente, qual seja:

Exercer a gestão do SUS, no âmbito estadual.

Promover as condiçôes e incentivar o poder municipal para que assuma a gestão da atenção à saúde de seus munícipes, sempre na perspectiva da atenção integral.

Ser o promotor da harmonização, da integração e da modernização dos sistemas municipais, compondo, assim, o SUS-Estadual.

Assumir, em caráter transitório (o que não significa caráter complementar ou concorrente), a gestão da atenção à saúde daquelas populaçôes pertencentes a municípios que ainda não tomaram para si esta responsabilidade.