A frase que apresenta correção e clareza é:

O Instituto de Desenvolvimento Sustentável da Reserva de Mamirauá, onde se iniciou com as pesquisas do macaco uacari-branco, que não devia ser extinto, nem transforma a região num museu intocado, nem destrói a natureza, sem excluir a população local.

As pesquisas que se desenvolveu sobre o macaco uacari-branco, que era ameaçado de ser extinto, deu início ao Instituto de Desenvolvimento Sustentável da Reserva de Mamirauá, com a transformação da região num museu que não pode ser tocado, nem pela população local, que não é excluída.

Com a criação do Instituto de Desenvolvimento Sustentável da Reserva de Mamirauá, que era para evitar a extinção do macaco uacari-branco, se transformou a região num museu intocado, cuja a população não é excluída, como também a natureza não se destrói.

O Instituto de Desenvolvimento Sustentável da Reserva de Mamirauá, que começou com o objetivo de pesquisar o macaco uacari-branco, ameaçado de extinção, não transforma a região num museu intocado, mas cria condiçôes de explorar a natureza sem destruí-la nem excluir a população local.